Лекарственное применение имеют разные органы барбариса. В корнях, коре стеблей и листьях содержится алкалоид берберин. Он понижает тонус желчного пузыря, урежает и уменьшает его сокращения, улучшает отток желчи и способствует снятию болей и воспалительных явлений. В нашей стране выпускают таблетки сульфата берберина в качестве желчегонного средства при воспалениях печени и желчного пузыря. При хроническом гепатите, гепатохолецистите, холецистите и желчнокаменной болезни берберин принимают по 1-2 таблетки 3 раза в день до еды в течение 2—4 недель (беременным он противопоказан). Сырьем для промышленного получения берберина служат корни барбариса обыкновенного, содержащие его до 1,5% (сумма алкалоидов в корнях может достигать 5%). Настойкой, отваром и настоем из листьев барбариса пользуются как кровоостанавливающими средствами при маточных кровотечениях.

Экспериментально установлено, что настойка барбариса, вызывая сокращение матки и оказывая кровоостанавливающее действие, одновременно усиливает работу сердца и понижает кровяное давление. Ее принимают по 20—30 капель 3 раза в день в течение 2—3 недель. Кроме того, препараты из листьев барбариса применяют при желче- и почечнокаменной болезнях, подагре, ревматизме, расстройствах пищеварения. Особенно широко пользуются настоем листьев барбариса как желчегонным средством (при гепатитах, холециститах, желчнокаменной болезни, дискенезии желчных путей). Обычно настой готовят из одной столовой ложки листьев на стакан кипятка. Настаивают 1 ч; принимают по 1 столовой ложке 4 -5 раз в день.
Корни и кора барбариса обладают также жаропонижающим, седативным и противомикробным действием. Настоем корней и коры пользуются для полосканий при воспалении десен и иногда для лечения экзем. Готовят настой из расчета 1/2 чайной ложки  измельченной коры (или корней) на стакан кипятка. Отвар коры и корней (30 г сырья на стакан воды) принимают при кровотечениях по одной столовой ложке ежечасно.

Плоды барбариса содержат до 5% сахаров, 7% кислот (преобладает яблочная кислота) и до 150 мг % витамина С, из них варят варенье, напитки, вино и др. Плоды служат хорошим средством для возбуждения аппетита и утоления жажды.

В народной медицине их употребляют как желчегонное и мочегонное средство, для длительного хранения плоды пересыпают сахаром и держат в  прохладном месте, но чаще сушат на солнце, под навесами, на чердаках, в печах и духовках. Сок из плодов барбариса служит легким слабительным. В Чехословакии барбарисовое вино используют при отсутствии аппетита, головных болях, запорах, а также при лечении дифтерии. Незрелые плоды иногда используют как приправу к различным блюдам. Барбарис используют в гомеопатии. Молодые листья барбариса содержат до 120% аскорбиновой кислоты и витамин Е. Их используют для маринадов, а в некоторых районах едят вместо щавеля, делают салаты.