Заготавливают корневища осенью, в сентябре – октябре, или рано весной, в апреле. Выкапывают лопатами, отряхивают землю, обрезают листья, корни и отмершие части корневищ. Толстые корневища измельчают, после чего провяливают на воздухе и сушат в печах или сушилках при температуре не выше 40 С. Сухие корневища  имеют слабый, нехарактерный запах и сладковато-терпкий вкус. Срок хранения 2 года.

Препараты мужского папоротника (жидкий эфирный экстракт, таблетки «Филиксан») применяют как глистогонное средство против ленточных и некоторых круглых червей. Основными действующими веществами растения являются папоротниковая кислота и фильмарон. Они парализуют мышечные клетки червей.

Препараты папоротника ядовиты и для человека, поэтому применять их следует только под наблюдением врача.